1. در هر پایه از سطوح عالی سه کلاس اصلی برگزار می شود که دو کلاس آن در قالب القایی و تدریسی می باشد یعنی به همان سبک سابق، بیان درس، توضیح وتبیین بر عهده ی استاد میباشد و این روش به همراه مباحثه و مشاوره ی علمی سبب می گردد مباحث عمیق تر به طلاب القاء شود.
   
   
2. یک کلاس از سه کلاس اصلی هم در قالب سامرایی – مشاوره ای برگزلر می گردد به اینگونه که طلاب باید به کمک کتب شروح و حواشی محدوده ی درسی را آماده کنند و در کلاس در مقابل استاد و طلاب دیگری که درس را آماده کرده اند به بیان و توضیح درس بپردازند.
   
   
3. نحوه ی آماده کردن درس برای کلاس های مشاوره ای به این گونه است که طلاب عزیز در ابتدای ورود به مدرسه برای آماده کردن درس می توانند از شروح فارسی مثل کتب استاد علی محمدی و با استماع دروس صوتی موجود مثل صوت های درسی استاد حیدری فسائی بحث را آماده کنند و با گذشت زمان و تسلط بیشتر به متن با مراجعه به شروح عربی مثل تمهید الوسائل فی شرح الرسائل یا ایصال الطالب فی شرح المکاسب و با ترک کردت استماع صوت کیفیت مطالعه را بالا ببرند و با مرور زمان با حذف شرح فارسی و اضافه کردن تعلیقه ها و حواشی مثل حواشیه سید یزدی یا مرحوم ایروانی و عمیق کردن مطالعه به بالا بردن سطح کیفی مطالب و مطالبات خودشان بپردازند.
   
   
4. از فائد طرح می توان به آشنایی طلبه با متون وتحقیقات بزرگان و شروح و حواشی کتب رایج حوزوی اشاره کرد همچنین چون طلاب در این کلاس آماده هستند نکته مثبت این طرح این است در صورتی تدریس استاد باید تمام جزئیات و کلیات مطالب را بیان کنند اما در این طرح طلبه به بیان حکمیات می پردازد و از ذکر جزئیات مستغنی است و همچنین چون طلاب دیگر هم درس را آماده کرده اند به نقد متکلم و بیان کننده ی کلاس می پردازند در این چون طلبه باید پاسخ گوی نقد طلاب دیگر باشد قدرت بیان در طلبه افزایش پیدا می کند، سبب ایجاد تنوع در بیان طلب می گردد و همچنین سبب بالا رفتن تسلط شخص در ارائه اندوخته های علمی خود می گردد  از این رو طلابی که با این روش انس بگیرند در مصاحبه های علمی و امتحانات شفاهی بدون داشتن استرس توانایی ارائه بهتری را دارند.
   
   
5. دروس خارج مدرسه در دو سطح برگزار می گردد. سطح اول که شامل سال های اول و دوم درس خارج مدرسه می شود کلاس های خارج فقه و اصول در مدرسه با اساتید برجسته برگزار می شود و همچنین برای هر درس یک کلاس تمهیدی خارج فقه و اصول برگزار می شود که طلاب به منظور بهره مندی بیشتر از کلاس ها تدریسی به منابع بحث در محضر استاد تمهیدی به بحث و گفتگو می پردازند.
   
   
6. سطح دوم خارج مدرسه به این گونه است که طلاب با اتفاق نظر می توانند در یکی از کلاس های فقه و اصول خارج از مدرسه شرکت کنند و ملزم هستند در کلاس های مشاوره ای همان دروس که به توضیح و تبیین و رفع ابهام و اشکالات و بیان بزنگاه ها ی درس می باشد در مدرسه شرکت کنند.​​​​​​​

شیوه مطالعه و آماده کردن درس مشاوره‌ای و ارائه آن در کلاس(خارج)

​​​​​​​طلاب می‌بایست در درس اصول با محوریت کتاب مصباح الاصول به کتب رسائل و کفایة و فوائدالاصول مراجعه نمایند و به تشخیص استاد، به صورت پلکانی می‌توان کلمات آغا ضیاء (ره) و نظرات حضرت امام خمینی (ره) و شهید صدر (ره) را اضافه کرد و در درس فقه، بر اساس گرایشی که طلاب انتخاب کرده اند، متن اصلی تقریرات، درس آقای خوئی (ره) باشد و با هماهنگی استاد چند حاشیه به صورت پلکانی در تدریس و مشاوره همزمان در طول هفته مطرح شود. مدت زمان مطالعه برای هر درس 90 دقیقه می‌باشد.

ویژگی‌های نظام آموزشی مقطع خارج 

​​​​​​​خارج فقه
در درس خارج فقه به واسطه فاصله علمی که با کتب شرح لمعه داشته اند با شرکت صرف در درس خارج نمی‌توانند استفاده خاصی از شرکت در درس فقه ببرند زیرا با حجم عظیم مطالبی که استاد در درس خارج فقه بیان می‌کند و یک فاصله طولانی با شرح لمعه (مثلا بحث طهارت یا حج و یا وصوم و...) را اصطیاد کنند؛ لذا برای فهم مطالب ارائه شده توسط استاد، درس دیگری از فقه به صورت تمهیدی نیز برگزار می‌گردد که باعث بالا بردن سطح علمی طلاب برای شرکت در درس خارج را دارد.
نحوه درس تمهیدی این گونه است که استاد، بعضی از متون فقهی رایج حوزه را که معمولاً مورد استفاده اساتید خارج می‌باشد؛ تمامی متن می‌خواند. مثل (آثار آقای خوئی و حکیم در مستمسک یا مصباح الفقیه آقا رضا همدانی) خواندن این کتابها کمک و آمادگی خوبی را برای طلاب جهت شرکت در درس خارج فراهم می‌کند که هنگام بیان اساتید آنها بسیاری از مطالب بازگو شده توسط استاد را، قبلاً کار کرده اند و اینک در درس خارج منتظر اتخاذ مبنای استاد هستند تا با بحث و جدل با استاد ببینند استاد حرف جدیدی برای گفتن دارد یا خیر؟

خارج اصول
در درس خارج اصول با توجه به طبیعی بودن سیر تحول علمی اصول در کتب سطح که ابتداء طلاب رسائل شیخ و سپس کفایه آخوند را می‌خوانند و بعد وارد درس خارج می‌شوند معمولاً اساتید دروس عمومی حوزه در هر مبحثی ابتدا مبنای شیخ و سپس آخوند و مبانی مرحوم نائینی و آقای خوئی یا معاصرین ایشان همچون حضرت امام خمینی ره را مطرح می‌کنند.
طلاب گروه می‌بایستی نظر شیخ و آخوند را در مباحث اصول عملیه از رسائل و کفایه را بیان کنند و بعد از آن طلاب به سراغ متن مصباح الاصول آقای خوئی بروند  و با متن خوانی کردن این کتب با مباحث آقای خوئی آشنا شوند و بعد از یکسال اساتید متن خارج اصول مرحوم نائینی [فوائد الاصول یا اجود التقریرات] را نیز اضافه می‌کنند. در این قسمت پس از مطالعه طلاب، استاد مشاور شروع به تدریس می‌کند و بعد از سیر اجمال مطالبی که از شیخ شروع کرده و به آقای خوئی ختم شده در این بین بر اساس یکی از مبانی معاصرین اقای خوئی مثل: حضرت امام ره یا آقای روحانی صاحب منتقی الاصول یا آقای وحید دام ظله اتخاذ مبنا می‌کند و آن مبنای مختار را بر کرسی می‌نشاند.
بر اساس این روش طلبه طی یک دوره سه ساله مسلط به بسیاری از متون اصول رایج حوزه می‌شود.
محدوده اصولی که طلاب مدرسه می‌خوانند مباحث اصول عملیه تا آخر اصول یعنی تعادل و تراجیح است و در صورت امکان از جلد 1 کفایه مباحث مفاهیم و عام و خاص و مطلق و مقید را که مباحث کاربردی اصول می‌باشد را نیز کار می‌کنند. 

کمیسیون آموزشی و انضباطی
​​​​​​​
با توجه به رویه مدرسه که بهره برداری کامل و ایجاد زمینه رشد و تلاش طلبه برای ارتقاء سطح کیفی درسی و انضباطی می‌باشد در صورت هرگونه خلل در این امر ، طلبه  به کمیسیون آموزشی دعوت می‌شود.
دبیر کمیسیون به علل مطروحه‌ی در ذیل، طلاب را به کمیسیون دعوت می‌کند:
1.     بعد از دو مرحله تذکر در صورت غیبت بیش از پنج جلسه به کمیسیون دعوت می‌شود.
2.     عدم شرکت در امتحانات مدرسه.
3.     داشتن مسائل و مشکلات اخلاقی و رفتاری.
4.     ایجاد اخلال به فضای آموزشی مدرسه.

حضور و غیاب مقطع سطح و خارج

​​​​​​​حضور طلاب در تمامی‌برنامه های درسی، امتحانی و دیگر فعالیت های آموزشی و فوق برنامه مدرسه الزامی است.

طلاب در طول یک ماه مجاز به دریافت 4 جلسه درسی مرخصی می‌باشند.

طلبه موظف است در ایام تحصیلی بدون تأخیر و غیبت در کلیه ی جلسات درسی شرکت داشته و چنان چه نیاز به مرخصی ضروری داشته باشد، می‌بایست با مدیریت مدرسه مطرح نماید و پس از موافقت مدرسه می‌تواند از مرخصی استفاده نماید. (تشخیص موارد ضروری با مدرسه می‌باشد.)
​​​​​​​
تبصره: سه جلسه تاخیر 10 دقیقه یک غیبت محسوب می‌شود.